Normalmente las cajas bien mantenidas de origen no fallan incluso en motores muy potenciados, es muy difícil salvo que se someta a un gran maltrato, como todo elemento mecánico, no son indestructibles.
Cómo ya te han dicho, en caso de cambio, pondría la misma que de origen, con los mismos desarrollos.
En cuanto al embrague, no te recomiendo para nada que pongas uno "reforzado", no tiene ningún sentido si el par motor es el de origen, o incluso menos si el motor con el tiempo ha perdido prestaciones, pero el problema de base no es eso, sino que por lo general ( algo que tengo muy investigado por mi afición a potenciar todos los motores que he tenido), ningún fabricante, ni siquiera Sachs, fabrica kits de embrague reforzados incluyendo un volante de inercia bimasa, sino que son todos monomasa, y eso supone un gran riesgo para el equilibrado del motor.
Es posible que recién montado el coche responda muy bien en aceleraciones y recuperaciones, con la euforia que pueda suponer, pero va a ser muy efímera.., porque después vendrán problemas que nunca tuviste.
Piensa solo una cosa: los cientos de miles de euros en investigación y tecnología de embragues y volantes de inercia, no los ponen los fabricantes de embragues, ( Sachs, Valeo, LUK, etc..) , sino las marcas de automóviles, y cuando llegan a un cálculo y dimensionamiento encargan los embragues específicos para sus motores, especialmente por temas de equilibrado.
He visto cigüeñales partidos a pocos centímetros de la conexión con el volante de inercia, algo que obviamente no fue de un día para otro, pero esas micro vibraciones sostenidas en cada giro de cigüeñal por un cambio drástico en las masas de inercia que estaban calculadas para un bimasa, al final pasan factura.
Precisamente ahora ando yo en un cambio de embrague de mi Octavia 5E RS con un Stage-1 y con unos 480Nm, el embrague patina una burrada pero el bimasa está intacto y por supuesto no pienso cambiarlo, solo plato y prensa , ya lo tengo buscado ( SACHS - OE 0A5141671M ), según el fabricante aguanta 550Nm, así que me da hasta para un Stage-2, que será el siguiente proyecto de potenciación que tengo en mente.
Volviendo al tema que iniciaste.
Revisa el embrague por si tiene excesivo desgaste , y si es así, monta solo disco y prensa, eso ayudará mucho a que las marchas entren con suavidad y precisión, al parecer le has dado una nueva vida a la caja con cambiarle el aceite.
Un saludo.