Pues depende.
Hay algunas versiones de cable que para funcionar también modifican el ejecutable del VAG-COM. Si el cable pertenece a este grupo y se usa un soft que no corresponde por mucho que sea la misma versión, se desprogramaría.
Otras veces, Ross-tech ha sacado dos versiones de soft con la misma numeración de versión modificando el programa para pulirse los cables no originales. La recomendación: sólo usar la versión que realmente corresponda. Yo lo que suelo hacer, para no perder el soft me lo subo al correo o a un servidor y así siempre lo tengo disponible por si acaso.