Lo que comentas (interrupción de comunicación/lectura de módulos) pasa mucho cuando se usa el Vag-Com con el coche en movimiento, esto es completamente normal, a mí me sucede bastante, de echo muchas veces tengo que pedir que paren donde se pueda, salir del Vag-Com, quitar el cable del conector del coche, y aveces incluso parar el motor, sacar la llave del contacto y volver a arrancar de nuevo para poder leer los módulos que antes no entraba el Vag-Com.
Dudo que sea problema de Can-Gateway porque aparte sólo tienes la avería del cambio, no te registra ninguna avería mas, y si fuera fallo de Can-Gateway, ya te aseguro que te salen un cerro de averías, y este no es tu caso. Es un fallo normal, ya te he dicho que a mi también me pasa cada cierto tiempo (la razón no la sé) pero pasa. Salu2