Hola doradito, las vibraciones en los motores inyector-bomba puede originarse por muuuchos motivos, te voy enumerar unos pocos:
1.- Preinyecciones de los inyectores.
2.- Compresion del motor. Esto influye mucho si esta frio o caliente, igualmente que todo lo que compone el motor como los arboles de levas etc etc. Incluso un piston unas centesimas mas bajo que los demas puede provocar esto.
3.- Bimasa. Famoso conocido de multiples problemas.
4.- Angle syncro. Ya veo que lo tienes bien pero tambien afecta.
5.- Inyeccion a ralenti. Esto por norma general NADIE lo toca en una repro por los motivos mencionados mas arriba. Hay tantas variantes que 1 sola afecta a todo el conjunto y tocar el caudal a ralenti puede original mas vibraciones todavia. Lo mas normal es no tocar y si vibra subir el ralenti.
6.- Calidad del aceite y sobretodo si esta el motor frio.
7.- Tacos de motor algo cedidos por el uso.
8.- Calentadores estropeados. Si de 4 cilindros te funcionan 2 esos 2 cilindros que no tiene calentadores tiene una combustion distinta a los otros 2 con lo que tambien original vibraciones.
9.- Calidad del gasoil. A ti de esto ya no te cuento nada jajajaj
10.- Holgura del eje primario de la caja de cambios que unido al embrague y bimasa y las variaciones de aceleracion del cigueñal pues ..... son vibraciones.
11.- etc etc etc.
En resumidas cuentas, si el motor subiendo el ralenti un poco se van casi todas dejalo asi porque tampoco hay que olvidarse que es un motor diesel no un gasolina y siempre tendremos vibraciones.
Otra cosa muy distinta es que rodando con el coche y acelerando tengas vibraciones en el motor que se notan en el pedal, ahi ya es que tienes algo mal, sino, ni caso.
Saludos.