El USB no le va a pasar nada por instalarle el SO, la unica pega es que va a ir mas lento que si lo hicieras en un HDD interno, por la tasa de transferencia del USB. Yo lo hice hace algun tiempo con Windows 7, y la velocidad de respuesta era la unica pega. Por otro lado tienes que editar algunos de los archivos .inf del SO, y modificarlos para que identifique el USB como HDD, y luego realizar un script para que al hacer actualizaciones no vuelvan a su estado original. Aunque parezca un poco lioso una vez que lo tienes hecho va de vicio.
Otra opcion es instalar primero el XP en una particion del disco duro, y luego intalar el Windows 7, para que su gestor de arranque te reconozca los dos SO, ya que al reves no funciona.
Saludos