Esto es muy simple.
Una marca siempre deja márgenes de seguridad elevados. Por lo tanto una repro, que no deja de ser una optimización, puede sacar más rendimiento. Por ejemplo, VW ( que es el caso que nos ocupa) deja un 30% (por poner un ejemplo) y con repro se puede ir al 100% de posibilidades, y aún así, como no está por encima de sus posibilidades no rompe.
Otros casos, simplemente son motores idénticos capados electrónicamente, y no hay pocos casos de estos.
Ademas, la mayoría de veces la diferencia está en los periféricos, pero el bloque es el mismo.