Depende de la compañía, pero lo habitual es que las lunas estén exentas de la franquicia (De hecho, cuando yo lo tenía a TR+franquicia, estaban exentas las lunas, el robo y el siniestro total).
Personalmente no repararía un chinazo antiguo, en el fondo puede haber mucha suciedad que no consigan quitar. De todos modos se que la técnica ha avanzado mucho, lo mejor sería preguntar a los especialistas, porque puede que me equivoque y si que consigan limpiar y reparar los chinazos antiguos sin problema.
Yo tengo en el coche unas pegatinas transparentes que me dieron en la aseguradora, recomiendan pegarla inmediatamente sobre el chinazo para evitar suciedad, y llamar para repararlo cuanto antes (en Mapfre tienen una unidad movil, les dices dónde está el coche y ellos vienen y lo reparan. Tengo un amigo que se lo repararon en el parking del trabajo, el no tuvo ni que bajar al coche)