Vamos a ver..
Las 2 llaves con mando que te robaron, estaban casados con tu módulo confort por radiofrecuencia, para que abra/cierre el coche, y a su vez con el inmovilizador que va dentro del cuadro. Cuadro y ECU comparte el mismo pin. Tú al hacer una llave nueva y casarla con el inmovilizador, este te otorga otro pin nuevo, que sólo lo tiene tu nueva llave, no la llave del caco, por tanto si intenta arrancar el inmovilizador rechazará ese transponder, y no permitirá el arranque nunca.
Sólo puede abrir el coche metiendo el espadín en los bombines de puerta (nada más) pero jamás arrancar el coche. Pero si puede robarte en el interior. Lo entiendes ya??