Bueno pues al parecer el problema estaba en el tubo de alimentacion de combustible que va del deposito al motor. Esta situado en la parte bajo derecha del vehiculo. Al parecer algun soporte esta suelto/roto. Deberia estar arreglado pronto.
En VWvortex hay informacion que coincide con esto:
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Pregunta "I've noticed that my GTI seems to rattle (on and off) around 2000 RPM"
Respuesta "If it's coming from the passenger side then
it is most likely the fuel line rattling."