El contrato de mantenimiento no quiere decir nada, solo que te van a cambiar aceite, filtros, líquido de frenos y ajustar lo que haya que ajustar según el manual. Ese coche imagino que tendrá la ecu escondida debajo de los limpiaparabrisas o en el paso de rueda, por lo que no van a ver de casualidad si tiene marcas de haberla abierto. Otra cosa es la garantía, si por casulidad se dan cuenta (lo dudo), entonces seguramente te quedes sin garantía.
Como te dicen, lo peor es que te carguen un nuevo software, por eso es recomendable pedirle una copia de la repro y el archivo original al reprogramador o comentarle si habría problema en caso de actualización en el concesionario.