El borrado ¿lo realizas desde el apartado de autoscan o entrando en cada módulo? A veces, el borrado de errores directamente desde el autoscan (volviendo a hacer otro barrido de los módulos) no funciona bien.
Cuando has hecho un escaneo, en la parte superior, donde te aparecen sólo los módulos, con doble clic te manda al módulo en concreto. Ahí sí ya puedes pulsar en 02-CLEAR CODES específico del módulo. Y al salir, te vuelve al autoscan (aunque no actualiza el módulo si has borrado los errores).
La alarma, parece ser que tienes problemas de conexión. A mi me pasó con el sensor volumétrico. Lo desconecté para tirarlo a la basura y poner otro cuando probé a conectarlo por si acaso y ahí siguió, vivito y funcionando.
Si la radio funciona, entra en el módulo 56 y borra manualmente los errores.