Leo que solo te deja entrar en 'special functions' porque tu cable de VAG Commander no te deja hacer mucho, pero has probado en ese menú a desactivar el inmovilizador?? desactivando el inmovilizador podrías al menos arrancar, hasta solucionar el tema con más calma.
Yo probaba a desactivar el inmovilizador, que se hace a través de ese menú (special functions) y ya vería con más tiempo, qué puedo ir haciendo. Has probado el VAG K + Can Commander que tienes en otro coche, y has visto si te deja leer la ECU? lo mismo es tu cable..