Perder la garantía sólo depende de tu concesionario y de las ganas que tengan de joder al cliente.
En teoría no, no pierdes la garantía pues realizas unas codificaciones que el propio vehículo acepta. Si codificas mal, la centralita te devuelve un error y esa codificación no se aplica.
Yo he modificado tanto el Octavia como la Alhambra y ambos concesionarios han sabido (sobre todo con el Octavia) todo lo que iba a modificar en el coche o iba modificando. Ellos lo tenían claro: si jodía algo, perdería la garantía en la parte afectada.
No por modificar la codificación de la subida automática de los cristales y que dicha codificación hiciera que el módulo confort se quemara (es un ejemplo) iba a perder la garantía de, por ejemplo, el cambio DSG, el motor,...
Las codificaciones son totalmente reversibles y no quedan rastros de esas modificaciones si se vuelve a la codificación original.
