Sabes que no llega corriente a la bujia, pero no sabes mas, el cableado ¿lo has comprobado con polímetro supongo no? el sistema CDI es parecido al electrico mas o menos, en vez de llevar platinos pues lleva un generador de pulsos que son los que se llevan al CDI para que con esos pulsos active un interruptor (sea tiristor o el componente que sea hace esa función) y pone a 0 voltios los extremos de la bobina y esta produce el pico de tensión que es necesario para que en la bujia salte la chispa.
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Este lleva 3 cables pues los dos de masa serán uno solo seguramente (podría tener un tornillo de masa pero no creo), otro debe ir del generador electrico para cargar la bobina y otro al generador de pulsos, estos 2 fijo, el que sale en la foto que va al contacto puede llevarlo en otros sitio y creo que será tu caso.
Primero tienes que saber que es cada cable, yo no lo sé, quita el CDI pon un voltimetro en DC entre dos de los tres cables que le llegan al CDI y le das a la palanca para que se mueva el motor (si te ayuda otro y le da varias veces para que el motor no se pare mejor) midiendo entre dos te debe dar una tensión continua si otro le da y no se deja parar el motor si te da tensión de valor positivo el cable conectado a la pinza roja será el positivo y el otro el negativo (y creo por el diagrama de otra senda que el positivo es el verde) si conectas el que no es, el del generador de pulsos, no te dará tensión continua porque son pulsos que el voltimetro en DC le cuesta mucho medir y si lo mide da un valor de tensión muy bajo. Entre el generador de pulsos y el de masa quizas lo puedas medir con el medidor de frecuencia del poimetro. Eso es lo que yo haría, si no llega señal el generador de pulsos pues no dará chispa y el CDI puede estar perfectos.
Prueba eso y nos dices si es como yo digo o algo no sale o no es así.