Siento decirte que en ninguno de los 2 modelos que citas, puedes hacer nada en la EGR con el programa Vag-Com, pero ni con esa versión que usas, ni con ninguna otra versión de Vag-Com, lo único que puedes hacer si lo deseas, es anular ambas EGR mediante Repro, es la única forma.
Si tienes pensado reprogramar ambos coches, se aprovecha y se anula la EGR, o directamente acudir para solo anular la EGR, pero mediante Repro, con Vag-Com nada.
Edito: para decir que el programa te dice esto al entrar en el motor:
Incapaz de encontrar este archivo: EV_ECM16TDI02103L 003006 (VW36 *)
En el AutoScan te reconoce bien el modulo de motor? va a ser problema del cable, que tiene algún defecto, no es problema de ambos coches. Si tienes la posibilidad de pasar el cable en un Golf IV (por ejemplo) veras que no tienes problemas en entrar al modulo de motor.