Hola.
¿Tienes VagCom?, lo primero sería pasarle autoscan y luego una lectura de todos canales a temperatura de servicio si es posible y después podemos seguir mirando.
He visto que eres de Gipuzkoa, yo también soy de Gipuzkoa (Donostia) y tengo el mismo coche que el tuyo pero tracción delantera. Sería bueno que nos pusieramos en contacto por privado porque me viene bien a mí también echar un vistazo a otro Passat del mismo modelo que el mío (por temas de vibración a ralentí que sospecho que es el bimasa).
Sobre tu coche me he perdido un poco.
1) ¿El limp mode se ha solucionado?
2) El problema de que se apague esporadicamente entiendo que persiste. Esto en primer lugar hay que descartar problema de inyección, calado de distribución y/o sensor de cigüeñal/árbol de levas. Esto se puede medir con log circulando hasta reproducir el problema. Porque puestos sin VagCom y cambiar piezas por cambiar son muchísimas piezas y es dinero.
Tu problema me recuerda a un problema que tuve con el Astra G de mi madre que se apagaba esporádicamente (con una sacudida) y no arrancaba hasta pasados 2-3 minutos, resultó ser la unidad de gestión de la bomba inyectora que tenía 4 puntos de soldaduras fundidos. Fue repasar las soldaduras, montar e ir bien.
Un saludo.