En el servicio Oficial, seguro que la batería que te pusieron es "economy" que es como la típica batería de marca blanca de un Norauto o un Carrefour, y que vale más barata que la batería Oficial que tengan como primera marca. Que suelen ser marca Varta. Dependiendo del modelo, si es más antiguo o más moderno, usan un boxter conectado a los bornes de batería, quitan la batería vieja y ponen la nueva sin que el coche pierda corriente.
Tú perfectamente puedes cambiar la batería, pero alimentando en todo momento el sistema, nunca dejarlo sin corriente. No sé si ese modelo lleva gestión de batería, es decir, módulo de control de batería, que en caso de llevarlo, lo mismo te toca dar de alta la nueva batería, es decirle al coche "llevas está batería" y borrar averías. Si no llevas esté módulo, es borrar averías y darte una buena vuelta, porque muchas baterías si llevan tiempo almacenadas, vienen bajas de carga, y la electrónica de un Golf VI es muy pija para esto. Salu2