Hola.
Qué bimasa le has puesto?
Puede ser soportes motor o caja cambios o bimasa mal montado o con excesiva holgura (los LUK tienen excesiva holgura axial).
Prueba a pisar el embrague (sin engranar marcha) y cuentanos si cambia o no esas vibraciones. Circulando también te vibra?, en qué momentos te vibra?
Engrana una marcha, con el motor apagado y palanca de freno quitado, sal afuera y menea el coche delante-atras-delante-atras a ver si escuchas algo.