Tenías tan sólo 3 averías registradas. La referente al valor del timing, que se supone que tras regularlo y dejar el valor en rango, se a debido de borrar. La avería de la bomba del ABS, que después de estar trasteando con fusibles y captores de ABS (etc..) lograste que desapareciera el testigo del ABS, y el del ESP tras ajustar timing.
Por tanto se deberían haber borrado estas 2 averías. Lo hiciste?
Y la tercera, también, porque sólo avisaba que comprobases la memoria de averías del módulo de motor, y no era en si una avería, si no un recordatorio. Por tanto, no sé qué averías tendrás memorizadas o no, pero la primera vez sólo tenías estas 3 registradas (según tus datos).
Si el motor va mejor y con más potencia, mejoraría mucho más, si limpiaras el colector de admisión, y cambiases todos los manguitos de vacío. Con respecto a semi-anular la EGR, lo 1º es limpiar el colector de admisión si quieres no falsear los valores a la hora se semi-anularla.
Las cosas hay que hacerlas bien, o mejor no hacerlas. Con respecto a la EGR, el mismo manual que te vale para anular completamente, te vale para semi-anular, pero en vez de poner el valor máximo admisible para anular por completo (aunque en realidad se queda a un 80% cerrada) debes dejar el valor de demanda sobre 300, que a ese valor se queda semi-anulada y no anulada.