No pasa absolutamente nada, de hecho el coche está también diseñado para casos como este. Nunca se puede tener el coche con batería durante toda su vida, las baterías se van y no avisan, y puede irse con el coche aparcado y no darte cuenta en días, si lo usas poco.
Quita el negativo, haz el trabajo, después Vag-Com y listo. Quizás te toque programar después el cierre automático de ventanillas, y la hora del cuadro, circular un poco para quitar ciertos testigos, y no sé si las emisoras de radio (etc..) en esto no estoy tan seguro, pero creo que poco más.
P.D: No obstante, espera más opiniones, por si alguno tuvo algún problema más..