Si deja de vibrar si puede ser caja, pero si sigue vibrando es motor. El motor va a generar menos sacudidas sin carga por lo que acelerar en vacío a ese régimen es muy muy difícil hilar para notarlo sin carga en el motor.
Por lo que se ve las sacudidas son siempre mayores a mayor carga (subiendo o a fondo), por lo que acelerar en punto muerto o embrague pisado es muy difícil que se noten (pero es posible que se generen y estén ahí).
Esa es otra no dudes que esas vibraciones te pueden estropear la caja (holgura en el primario, etc) con el tiempo, yo antes de cambiarla buscaría virutas cambiando el aceite de la caja cambiándolo (que no es excesivamente caro) Antes que cambiar la caja que por muy de desguace serán 300 al menos.