¡Bienvenido y enhorabuena por esa compra! Seguro que el motor no te defrauda. Yo tmabién llevo ese motor si quieres también puedes leer mi perfil. Tienes el enlace en mi firma.
El tema del vagcom no debería afectar pero depende del concesionario podría hacerlo. Al menos eso me ha dicho un amigo que curra en VW. Pero como te dice rafabkp, cuando lo lleves lo devuelves al estado original y listo.