En la carpeta de instalación del Vag-Com, dentro hay una carpeta que pone 'debug' y ahí es donde se guardan todos los cambios de codificación y demás que hiciste. Pero de nada te va a servir, si el módulo confort que llevabas, ya no lo tienes, según he podido entender.
Antes de cambiar un módulo confort o cualquier centralita de un coche, lo 1º es saber qué estás tocando, qué estás montando, si es compatible o no lo es, y sobre todo tener idea de diagnosis y los pasos a realizar antes de tocar nada, no ir a lo loco compañero.
Yo no sé la referencia de tu antiguo módulo, ni tampoco la referencia del nuevo, y si te vale o no te vale. No se sabe nada de ambos módulos. Sólo sé, que la has cagado a base de bien, y que puedes tener un módulo confort no compatible, y que ciertas cosas vayan mal.
Casar un módulo confort, es copiar la configuración del anterior, y pegarla con diagnosis en el nuevo módulo. Siempre y cuando éste sea compatible e igual al anterior. No hablo de extras (ventanillas, cierre, etc..) hablo de configuración (coding, etc..) te suena a chino, no??