Pues como poder, en caso de que se deje quitar, se haría perfectamente con VagCom, pero depende si es un fallo permanente o no. En tu coche desconozco si al quitar la radio original, afecta con esos fallos. Lo importante es saber si funcionalmente, tú notas algún fallo en el manejo del coche o se te enciende alguna luz. De esos fallos no sé nada, a mí por ejemplo, en un Passat b6, al cambiar la radio por una Android, pasando el Vagcom me sale: Dirección 56: Radio-No se puede acceder. Pero funcionalmente, no tengo ningún problema.
Desconozco tu coche, pero posiblemente, por la radio original pasen funciones concretas o información de varios sistemas del vehículo.
Yo observaría si pierdes alguna función de los sistemas sobre los que aparecen los fallos, si algo no funciona bien como antes o se enciende alguna luz que no deba. Si todo va bien y aunque con el VagCom no se puedan quitar esos fallos, creo que no tendrás problemas por que salgan reflejados. Aunque no estaría mal intentar borrar los fallos y mirar si vuelven a salir. Sobre el código de la radio, no creo que te haga falta para quitar los fallos, creo yo ehh. El código suele ser más para cuando la vuelves a conectar pasado un tiempo, por seguridad. Además, el código suele ser concretamente para la radio que has quitado, si ya no está, no vale para nada.