En el libro de instrucciones de mi anterior Passat recomendaban llevar siempre el climatizador encendido, pero no necesariamente el AA. Una de las razones es para evitar malos olores que acaban apareciendo por crecimiento bacteriano o de moho en las tuberías. Lo que sí se recomienda es encender el compresor de AA de vez en cuando. Yo llevo siempre el climatizador encendido para mantener una temperatura agradable dentro del coche y el compresor del AA lo pongo en verano principalmente, pero también lo uso en invierno de tanto en tanto en días soleados o cuando se empañan los cristales. En cualquier caso, si lo dejas siempre encendido, el compresor no funciona siempre, sólo cuando hay una cierta diferencia de temperatura entre el aire exterior y la temperatura deseada en el interior.
Respecto a si se produce avería o no, eso ya no lo sé, pero lo de los olores es bastante frecuente.