¡Hola! Por lo general se da de baja un coche a través de un Centro de Tratamiento de Vehículos (Un desguace de toda la vida) pero, si no se tiene el vehículo lo tendrás que consultar con la DGT, pues son ellos los únicos que van a solucionar tu problema. A mi me pasó algo parecido y llamé a RO-DES Bajas, me contestaron unas chicas y supieron contestarme a todo enseguida. Te dejo el contacto por si quieres llamar, el número es 960 800 211.
¡Espero que vaya todo bien!