Si solo has cambiado el motor, es probable que no frene porque falta vacío de la tándem.
El muelle también puede ser causado por falta de vacío si alguno de los actuadores no trabaja bien (turbo, EGR, etc.)
Los aireadores no tienen nada que ver con el motor. Pueden ser trampillas o que el filtro de habitáculo está simplemente sucio.
La temperatura, termostato o sensor, como bien dices. Parece más termostato.
¿Puedes pasar VAGCOM para ver fallos?