Pues no sé que puede ser, prueba con vagcom a mirar si el pedal del acelerador hace cosas raras en su recorrido.
Hay un campo que te marca el porcentaje de pedal pisado, a ver si al llegar a alguna zona hace cosas raras, aunque a mi me huele a bomba inyectora.
Ya despues es ir haciendo logs consiguiendo que te pegue tirones.