Se puede hacer perfectamente con la bomba en el coche, pero hay que marcar bien la bomba para colocar la tapa de nuevo en su sitio aproximado, y aun que la dejes en las marcas de donde estaba, es facilisimo que no arranque por que te hayas salido de su posicion, pero moviendola acabaras encontrando una posicion en la que arranque y la podras calibrar con el vagcom.
Si dices que estaba tan apretada es que ya alguien le ha metido la mano, y en lugar de cambiar la junta la ha reapretado, ya que de memoria creo que va apretada a 10Nm, que es poco.
Para moverla yo dejaria a medio apretar los 4 tornillos, no solo el especial, los 4 apretan la junta, y si mueves la tapa con 3 apretados la acabaras jodiendo.