La eeprom es todo. Es como si dices "grabé el chip". Y eso no es.
Hay dos eeproms: la que tiene los datos del inmo, km, llaves,... y la relativa a la gestión del cuadro.
Si tienes un cuadro de antes de 2006 (da igual que sea medio FIS o FIS completo) y grabas la eeprom del inmo se puede grabar perfectamente en otro cuadro (FIS) anterior a 2006. Todo aparecerá casado, con los km correspondientes, las llaves casadas.
Si ya los cuadros son de "tecnología" diferente (no fazit <-> fazit) la que se puede liar es gorda, como así parece que ha pasado.