Hola,
Creo el famoso timing al que te refieres, es válido sólo para motores diesel con bomba de inyección. El cupra si no me equivoco, es un motor PD bomba-inyector y no sirve ese procedimiento. Tienes que hacerlo a través del angle syncro.
Yo me inclino más por un ruido "metálico", algún soporté flojo, soportes en la linea de escape, comprueba los tensores de las correas etc.. no sé, sin escuchar el ruido es díficil valorarlo.
Suerte y saludos.