Es muy raro.
Antes de nada lleva el coche a un buen autolavado, con aspiradora de líquidos y máquina de limpieza con vapor, para hacer una buena limpieza interior.
Si se forma moho en el acolchado bajo la moqueta no podrás quitar el olor jamás, y podría ser incluso peligroso para tu salud.

Si no tienes mal ninguna goma ni alguna ventanilla mal cerrada se me ocurre pensar en los desagües de las puertas, que los tengas taponados.

En último caso mete el coche en un lavado automático, quédate dentro y mira si encuentras el sitio por el que entra agua (o que te lo rieguen con una manguera)