Hola, bienvenido a areavag.
Pueden ser muchas cosas, una diagnosis ayudaría a identificar el problema.
Dispones de VAG-COM....?
Una de las posibles causas mas frecuentes puede ser la EGR, puedes revisarla, limpiarla y comprobar si hay fugas en el tubo de vacio que la acciona, También hay muchas personas que han solucionado problemas similares montando una junta del tubo de recirculación de gases que llega a la EGR con el orificio mas pequeño (9mm) se puede comprar el el concesionario oficial y cuesta unos 3 €