Para el chirrido( es producido por las vibraciones de la pastilla contra la pinza.) puedes desmontar las pastillas y untar por la parte contraria al ferodo con grasa de cobre.Evitara el ruido al no tocar metal con metal.
Si la vibracion fuera por la rebaba del disco( lo dudu) significaria q te roza metal con metal y la solucion es esperar q se gaste o ponerlo todo nuevo.Discos y pastillas.
Lo de q tengas q hundir mas el pedal podria ser mal purgado, q lo dudo, o quizas sea q los discos al estar ya con rebaba y presumiblemente bastante surcos,pues la pastilla no asienta como si ambas superficies fueran perfectamente planas y de ahi q tengas q apretar mas el pedal.Pero esto tras 1000km tendria q ser igual q con las pastillas viejas y porlo qdices seentiende qantes no te lo hacia...Quizas si te lo hacia y ahora junto con el ruido ,pues estas mas susceptible.
Si el coche frena bien, q supongo q si, pues trataria de "olvidarme" del asunto. Si no "puedes", pues solo te queda montar discos y pastillas nuevas. No lo veo necesario.