Sería interesante saber que conversor llevas y cuál es la etapa.
Yo tengo RNS510 con conversor mosconi y etapa de 4 canales y no tengo ningún problema de los que mencionas. Con 2 canales amplifico la parte delantera y con 2 en puente un sub en el maletero.
Revisa las polaridades porque lo que comentas no es normal... y respecto a los filtros, cualquier etapa, por mala que sea, lleva filtros intregrados...