Buenas.
Yo tengo un Golf 6 TDI. A mi el año pasado en semana santa me pasó algo parecido. En conducción normal apareció súbitamente el testigo del motor y entraba en modo "de emergencia" (pérdida de potencia y límite de revoluciones). Si detenía el motor y volvía a arranca, podía conducir con normalidad hasta que "aleatoriamente" otra vez volvía a aparecer o alguna vez seguía apareciendo directamente y tenía que repetir el proceso de arranque.
Pasando la diagnosis con un cable VagCom, me daba (aproximadamente que ahora de memoria no puedo ser preciso) que un sensor número 16 o 17 daba valores incorrectos en algo relacionado con el combustible. A la que cargué el depósito de nuevo (en otra gasolinera respecto la última), nunca más ha vuelto a pasar.
Llegué a la conclusión de que como suelo cargar Diesel "caro", si reposto en una gasolinera de pueblo, donde haya poca renovación de sus depósitos y donde probablemente todo el mundo cargue del diesel más económico, el diesel "caro" pueda llevar mucho tiempo en sus tanques y pierda sus propiedades.
Me pasó cargando combustible cerca de un pueblo de donde es mi madre (donde habitualmente no estoy). Te lo comento porque si te ha pasado 2 veces en un tramo que no es por el que habitualmente circulas, puede que esté relacionado con el combustible y que realmente no le pase nada a tu motor.
Saludos.