Me respondo a mi mismo: me sigue pasando, el caso típico es siempre en caliente tras dejarlo parado un rato (en caliente va bien si es inmediataemte despues de parar el coche). Le cambié la bateria y va igual. Pediré cita en la Skoda, no me queda otra ya que no veo solucion para este motor 1.6 TDI via programacion. LO que no he probado es a quitar la sonda de temperatura del refrigerante para ver si es tema de mapa de arranque en caliente.