Entiendo que estamos hablando del motor ARL 1.9 tdi que montan los Golf-IV , León y Toledo y el Bora Tdi, lo he tenido en dos Toledos desde 2006 hasta hace poco y me ha encantado ese motor, de lo mejor que he tenido nunca.
Los inyectores no son tales sino unidades inyector bomba que constan de un solenoide, un detector de fase y una parte mecánica con un muelle o resorte que es empujado por unos botadores o rodillos que mueven los balancines que a la vez mueve el árbol de levas único que lleva ese motor, hay unos tornillos con una cabeza torx y una tuerca que sirven para ajustar cada unidad inyector bomba y garantizar la máxima compresión y máxima relajación del muelle en el momento adecuado, así como dejar la holgura necesaria para las dilataciones que indica el fabricante en su manual de taller, si las unidades están bien, la presión de inyección ronda los 2000 bares ( ninguna broma) , y es lo que le da la gracia a estos motores que no tenían ( ni tienen) nada que ver con un common rail donde las presiones difícilmente alcanzan esos valores y mas dificilmente son homogéneas en cada cilindro, aunque el regulador de presión de entrada al conducto esté bien.
Yo he tenido el último Toledo con ARL potenciado con stage-1 hasta el límite de 195CV y desde los 120.000 a los casi 240.000 kms no he regulado las unidades inyector bomba , no ha sido necesario, son un sistema muy bueno a nivel de inyección, otra cosa es el desgaste del levas y de los botadores, que va ser superior al de un motor sin este sistema, pero para eso están los buenos aceites y los cambios a tiempo.

Puede que tu problema sea de presión de inyección inestable o baja, alomejor cambiando las unidades inyector bomba el problema se resuelve, pero necesitas saber si están bien.
Desconozco la diagnosis necesaria para determinar el estado de estas unidades, pero empezaría por ahí.

Suerte y un saludo.